Com a construção no período colonial, a Igreja Matriz de Nossa Senhora da Penha de França sofreu grandes influências europeias do barroco. Algumas peças foram restauradas para não perder a identidade daquela época. Segundo o Iphan, o foco nos processos de restauração e recuperação recentes foi a estrutura e os elementos internos, com objetivo de levar o visitante por uma experiência de como era aquela época. A maior e mais recente restauração foi feita pelo instituto, entre 2012 e 2015.